انتخاب جداکننده مغناطیسی مناسب مستلزم در نظر گرفتن عوامل متعددی از جمله خواص مواد، ظرفیت پردازش، دقت جداسازی و محیط عملیاتی است. به عنوان مثال، برای مواد مغناطیسی دانه ریز، یک جداکننده مغناطیسی با قدرت میدان مغناطیسی بالا و یک گرادیان بزرگ باید انتخاب شود. برای کاربردهایی با حجم پردازش زیاد، ساختار فشرده و ظرفیت پردازش بالا باید انتخاب شود.
تعمیر و نگهداری جداکننده مغناطیسی به همان اندازه مهم است. تمیز کردن منظم زباله‌ها و گرد و غبار داخل جداکننده، بررسی قدرت و یکنواختی میدان مغناطیسی، و تعویض سریع قطعات فرسوده، کلیدی برای اطمینان از عملکرد پایدار و طولانی‌مدت جداکننده مغناطیسی هستند.
